De renommée mondiale par son site préhistorique qui a donné naissance à une civilisation qui porte le nom de ce village ariégeois : « l’azilien »
Les Bénédictins y fondent l’un des premiers monastères du Midi. Le premier document qui le concerne est daté de l’an 817 lorsque Louis le Débonnaire fait dresser un état des monastères (Cartulaire du Mas d’Azil).
La paroisse sous le nom de « Mansus azilius » dépendra pour le temporel de Foix, mais est sous le patronage de l’abbé du Mas d’Azil.
Alliée à l’abbaye de saint Volusien de Foix, pour se protéger, l’abbaye conclut un paréage avec le comte de Foix en 1246, Roger IV qui accorde une charte de coutumes à la communauté.
Enfin, une bastide fut fondée en 1286 par l’abbaye St Etienne. Des remparts sont édifiés par les bénédictins en 1303.
Le chemin de Saint Jacques de Compostelle venant de Fanjeaux faisait étape au Mas d’Azil après Pailhès avant de rejoindre Lescure.
Chef lieu de châtellenie, le protestantisme y fit son apparition dès 1540 et s’y implanta pour en devenir un haut lieu et appelé « La Genève du comté de Foix ». Le premier pasteur de l’actuelle Ariège semble être Bernard Perrin (novembre1561).
Rapidement majoritaires, les protestants, durant le siège tenté en 1568 par Bellegarde, sénéchal de Toulouse, rasent l’abbaye Saint Etienne : Les moines quittent le lieu pour Montbrun (ils ne se réinstalleront que vers 1649).
1569 : Le culte catholique est provisoirement interdit au Mas d’Azil.
Claude de Castet, qui commandait les troupes du roi de Navarre dans le comté de Foix est nommé gouverneur du château du Mas d’Azil par lettre du 9 février 1570.
Selon Castillon d’Aspet « la reine Jeanne d’Albret fit ajouter à la fortification naturelle du lieu (la grotte du Mas d’Azil) une muraille avec une porte bardée et chevillée qu’on fermait à clef… plusieurs familles des villages voisins (protestants) s’étaient réfugiées dans cette grotte ». Deux fois la grotte fut attaquée sans succès.
Mais le haut fait historique du Mas d’Azil est son siège, commencé le 15 septembre 1625 et qui dura plus d’un mois : 1000 protestants, encerclés derrière les remparts, font face à l’armée royale du maréchal de Thémines, composée de 14 000 hommes, avant de capituler. Anecdotes concernant ce fait : après chaque canonnade, les femmes, en particuliers, reconstruisaient les murs ; on a mis le feu aux queues des chèvres qui sont envoyées sur le camp des ennemis qui est ainsi incendié...
En 1629, le château est démantelé et les fortifications seront rasées en 1636.
Les moines reviennent au Mas d’Azil vers 1649 et édifient une église en 1673 sur les fondements de l’ancienne abbatiale. L’abbaye saint Etienne sera supprimée par la commission des Réguliers en 1774.
Deux synodes provinciaux se seraient réunis au Mas pour délibérer sur les intérêts religieux des églises réformées du Haut Languedoc et de la Haute Guyenne
NB : En 1683, la population du Mas d’Azil se composait de 1608 protestants et de 508 catholiques.
Sous le 1er Empire, le Mas d’Azil est un centre commercial avec ses foires : le 1er vendredi du Carême, mercredi après le 2éme lundi de la mi-Carême, le 1er mercredi de juillet, 12 septembre, le 8 novembre, le 28 décembre
1855 : le chanoine J.J. Pouech y met à jour les premiers restes de dinosaures et des coquilles d’œufs en 1859.
Au début du XXéme siècle, sept instituteurs, trois curés et un pasteur sont présent sur la commune pour le Mas d’Azil et ses hameaux : Maury, Rieubach, Raynaude, Saret, Balança, Causseraing, Baluet, Plagne, Lapeyrère, Gouzy, Lacoite, Lasserre
A cette période, un four à chaux et des filatures de laines sont les principales activités industrielles.
1935 : démolition des « murailles restantes »
1940 : Découverte du fameux « faon à l’oiseau » (propulseur en bois de renne)
20 avril 2006 : naissance à Toulouse, entre la Cité de l’Espace et la Vallée de l’Arize, d’un partenariat historique : la vallée des Sciences
2006 : La commune se trouve dans le périmètre d’étude du Parc Naturel Régional des Pyrénées Ariégeoises (création prévue en 2008)
Pour ce qui est du religieux, Le Mas d’Azil dépend du doyenné de Foix et du secteur paroissial du Mas d’Azil comprenant : Le Mas d’Azil, Gabre, Aigues Juntes,- Sabarat, Les Bordes, Campagne,- Daumazan, Montfa, Montbrun, Castex,- La Bastide de Besplas, Fornex, Thouars, Loubaut, Meras,- Allières, Durban, Montseron